Scarlett offre à l'ancienne assistante de Destro, devenue agent de Cobra au sein de la division scientifique, l'occasion de sortir de prison pour qu'elle la conduise vers Destro. Pendant ce temps, Cobra Commander découvre une nouvelle version d'un B.A.T. tuer plusieurs hommes... et cette nouvelle version ressemble à une jeune fille. Les légendaires Chuck Dixon et Paul Gulacy se réunissent à nouveau pour cet ultime album G.I. Joe Special Missions, des récits complets explorant la version moderne de la célèbre franchise G.I. JOE !